水相中需溶解的無機鹽和表面活性劑等固體溶質，建議采用加熱法，不建議采用振搖、超聲等方式。因此種方式的溶解，溶質可能處于“臨界膠團濃度”，其后一旦遇到某特殊情形（如遇有機溶劑、溫度劇降等），極易析出少量結晶；而一旦析出，便將損傷儀器和色譜柱，呈現泵頭處析出“鹽和白粉”的現象。
一定是將水相與有機相混合后、抽濾（使用混合型過濾膜），用一個管路（如A管）泵入儀器，這是使用的原則。切勿因節約有機相、便于摸索色譜條件等原因而使用兩個管路（一個純水相、一個純有機相）泵入儀器，即便配制了脫氣機。因此種情形極易造成水相中鹽和表面活性劑的少量析出。
剩余流動相完全可繼續使用，密封后放置陰涼處；待下次試驗時與新配制的流動相混合后抽濾即可。無需擔心發霉、無機鹽析出、揮發、比例不準等問題，這些皆為疑神疑鬼的表現。實踐是檢驗真理的唯一標準！實踐吧~
流動相配制最為科學的方式是：A相為高比例的水相-低比例的有機相、B相為低比例的水相-高比例的有機相（英國藥典幾乎均如此）；其次為：A相為高比例的水相-低比例的有機相、B相為純有機相；最不科學的為：A相為純水相、B相為純有機相，如既有質量標準采用了此種方式，建議改為第二種或第一種方式，否則基線漂移嚴重，難以進行穩定的雜質檢測。
梯度洗脫結束后，建議經5分鐘回到初始狀態，再平衡5分鐘后開始下一針測定。這10分鐘的穩定極為關鍵。切勿短時間內回到初始狀態，會對儀器和色譜柱損傷較大。
取A管路放入流動相瓶中→擰松泵頭→流速由0ml/min逐漸升至10ml/min，觀察尾液是否呈瀑布狀流出，持續10秒→擰緊泵頭→流動相呈拋射狀從安裝色譜柱的一端噴出，觀測是否呈拋物線狀，持續5秒→流速逐步降至1.0ml/min →安裝色譜柱，待20秒后，流動相從色譜柱另一端呈泉水狀涌出再安裝另一端→手握兩端螺絲帽，擰緊。
逐級排放氣泡和儀器內存留的洗液，使得安裝后氣泡極難混入。本人曾試驗梯度洗脫連續一周，第一針與最后一針主成分保留時間相差在6秒以內。
1.1 流動相僅為乙腈-水或甲醇-水時
繼續沖洗30分鐘，流速1.0ml/min，柱溫保持試驗時溫度，即可。
1.2 水相中有無機鹽、表面活性劑或三乙胺、高氯酸等物質時
先采用純水（或含有2%甲醇），沖洗A管路（試驗采用哪個管路，就要從頭到尾沖洗該管路），時間30分鐘（如流動相中有表面活性劑，適當增加時間），流速1.0ml/min，柱溫可較試驗溫度高出5~10℃；隨后更換成20%甲醇再沖洗30分鐘，流速1.0ml/min，柱溫箱加熱裝置關閉。結束后取下色譜柱放置陰涼處。
很多同仁其后采用高比例的甲醇沖洗，實屬畫蛇添足，導致殘余的有機相中水相遇到高比例的甲醇后析出少量鹽和表面活性劑，從而在泵頭上、色譜柱中析出，也導致了色譜柱壽命大為縮短。本人曾使用過一根約2000元的色譜柱，正著用了四年、倒著用了兩年（倒著用測非有關物質）。
查詢獲取如何科學合理地使用與清洗保存該類型色譜柱的方法，切勿盲動，否則導致色譜柱性能急劇下降。
(1) 0~2小時，配制流動相、對照品和供試品溶液等，切勿催促昨日試驗同事。
(2) 2~3小時，采用A管路注入流動相（B、C、D管路一般不用，除非梯度洗脫才用到B管路），平衡1小時。如流動相中有表面活性劑，建議前一晚小流速過夜，第二天上班后將流速增至1.0ml/min，平衡1小時后即可開始做試驗。
(3) 3~5小時，測定空白溶劑，一定要做到基線不漂移后方可開始測定。所謂“不漂移”，通常系指以1.0%自身對照溶液主成分峰高約20%高度來設定的視野范圍觀察所得，切不可設定得過小，使得雜質峰顯得很突兀、基線抖動得很厲害，弄得人很擔心。
(4) 5~8小時，配制完所有樣品，預試了對照溶液和供試品溶液，設定好自動進樣程序，程序最后一針設定為小流速過夜，紫外燈關閉。切勿設定為切換至B管路洗脫，此舉得不償失。
(5) 9~24小時，放心回家，讓儀器自動進樣，除非不穩定的樣品（配制一份測定一針）。充分利用下班后的16小時，做到從容不迫、鎮定自若。如單位還無自動進樣裝置，建議向領導申請購買，因一臺自動媲美三臺手動。
(6) 第二天0~0.5小時，檢查并計算昨晚試驗結果，如發現不良記錄，將流速增至1.0ml/min，平衡30分鐘后，測定重新配制的該份樣品即可（同時回校對照一針）。無需全部重新測定，不要過度謹小慎微。
(7) 第二天0.5~2.0小時，如上沖洗色譜柱，交給其后試驗同事。
現今幾大主流品牌的硬件性能已相差無幾，主要還是軟件的設計是否能使操作者得心應手、隨心所欲。
建議掌握各軟件的批處理、編輯樣品處理模板等功能，做到一勞永逸，讓軟件充分為工作所用。“磨刀不誤砍柴工”：本人曾用20分鐘完成500個溶出度樣品數據處理，做出溶出曲線圖。體會一下~
1.如需使用正相系統，一定要單獨采用一臺儀器（如二手的、較為破舊的、淘汰的等），切勿采用異丙醇轉換，此舉對儀器損傷極大，等于“自殺”。
2. 正相所使用的流動相（如正己烷、環己烷等），無需抽濾，混勻超聲后即可使用，“大道至簡”。
3. 柱溫箱必須配制。如欲經濟，可購買國產柱溫箱。
