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【故障原因】：溶劑混合時，由于兩種液體熱力學體積的變化，會產生氣泡；混合時放熱或者吸熱易產生氣泡，比如：甲醇和水混合屬于放熱，乙腈和水混合屬于吸熱。通常用量筒混合后明顯看到體積的增減，而且有許多小氣泡產生，掛在瓶壁上，或者晃一下可以看到許多小氣泡存在液體中。
【故障排除】：對溶劑過濾，超聲脫氣（常用），尤其是乙腈和水混合后，超聲脫氣時間要長一些，也可以通過其他方法脫氣，例如安裝在線脫氣機，充氮脫氣等。處理好的液體在使用過程中應該保持室內溫度恒定。
【故障原因】：溶劑濾頭污染，導致泵在吸液過程中吸力不均勻而強制吸液從而產生微小的真空氣泡。此時會觀察到進液管壁上分布許多很小的氣泡，有的在動有的停留在管壁上，或者感覺流速比設定值小，壓力也不穩。
【故障排除】：先觀察現象確認，再排除。用5%—10%的稀硝酸浸泡過夜（怕超聲的濾頭）或者超聲處理數小時（可以超聲的濾頭），然后用純水浸泡過夜或者超聲處理，注意換水多處理幾次，洗掉酸的殘留，最后用有機相甲醇浸泡處理或者超聲即可。若上述處理未果，需更換新的溶劑濾頭。
【故障原因】：流動相放好后，沒有排氣，就開始運行泵，易產生氣泡。
【故障排除】：放好流動相后，打開旁通閥，用注射器慢慢吸液，觀察進液管無氣泡后再吸10ml將流路中的空氣驅趕干凈，旋緊旁通閥后再運行泵，或者是打開旁通閥大流速排液，觀察進液管無氣泡后，再排氣2min將流路中的空氣驅趕干凈，旋緊旁通閥后再運行泵。
【故障原因】：單向閥或者泵頭內部污染。（泵的壓力波動一般在100psi以上就要考慮了）泵頭是壓力變化最劇烈的地方，也是最易產生氣泡的地方，泵頭靠負壓而吸液，而負壓必然使流動相中的小氣泡長大，當泵腔變正壓時，已長大的氣泡未必能全部變小流入后續液路，則泵腔內將積存氣泡，從而影響吸液精度。
【故障排除】：小心拆下泵頭，用甲醇超聲清洗單向閥以及內部密封圈和泵頭整體，用棉花沾甲醇擦拭柱塞桿。必要時更換單向閥，密封圈，柱塞桿等。
【故障原因】：進樣時帶入氣泡，吸樣時帶到進樣針中氣泡
【故障排除】：在進樣前，注意排出進樣針里的空氣，將進樣針頭垂直向上，用手指墊上濾紙摁住針頭處，往上推，氣泡很容易就上去了，排出即可。
【故障原因】：色譜柱進氣泡。
【故障排除】：用純甲醇低流速（0.2-0.3ml/min）長時間沖洗反相色譜柱，隨后可逐步加大流速，最大加到1ml/min，直至色譜柱壓力穩定。或者更換色譜柱。
【故障原因】：流通池是易積存氣泡的地方，其對基線影響較大，流動相流入色譜柱后，壓力越來越小，微小氣泡將逐漸長大，而流通池截面積相對較大，則氣泡在池內易長大，在無外壓的情況下，很難縮小到管路內徑以下流出流通池，從而存在了池內，導致基線很亂。
【故障排除】：在廢液出口處加反壓調節器（壓力一般在150psi左右），為流通池提供一個背壓；其次是用手指堵廢液管出液端，眼看泵柱壓上升（約2-3s），松開，且同時看檢測器顯示屏上吸光度值的變化。如果池內有氣泡，則手指堵廢液管，吸光度值將劇烈變化，當手松開后吸光度值再次大步上升，證明池內有氣泡但沒有排掉，當手指堵住和松開廢液管時，吸光度值基本不變時，證明排汽泡成功，再觀察基線將穩定（此過程需要重復10-20次）。
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