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ESI 為電噴霧，即樣品先帶電再噴霧，帶電液滴在去溶劑化過程中形成樣品離子，從而被檢測。

APCI 為大氣壓力化學電離源，樣品先形成霧，然后電暈放電針對其放電，在高壓電弧中，樣品被電離，然后去落劑化形成離子，最后檢測。

1) 原理上:APCI 利用電暈放電離子化，氣相離子化。ESI 利用離子蒸發，液相離子化。

2)適用范圍:APCI 使用于中等極性，小分子化合物，且具有一定的揮發性。而 ESI 使用于極性化合物和生物大分子

3)多電荷:APCI 不能生成一系列多電荷離子，所以不適合分析大分子。ESI 能生成一系列多申荷離子，特別適用于蛋白，多膚類等生物分子。

ESI 主要用于極性、大分子有機物，APCI 一般用于弱極性、小分子有機物。ES 易形成多電荷離子.因而可測大分子。APCI 主要產生單電荷離子，限于四極桿的質量分析范圍，一般測定分子量低于1000 的有機物。ESI 除與四極桿、離子阱匹配外，也可配合 TOF、FTICR 用于生物大分子的研究APCI 應用范圍較窄，常見如某些環境污染物檢測、甘油三酷檢測等，一定程度上互補了 ESI 的應用。

ESI 的軟電離程度較 APCI 的還小，但其應用范圍較 APCI 的大，只有少部分 ESI 做不出，可以用APCI 輔助解決問題，但是 APCI 還是不能解決所有 ESI 解決不了的問題。電噴霧電離源是一種軟電離方式，即便是分子量大，穩定性差的化合物，也不會在電離過程中發粉解，它適合于分析極性強的大分子有機化合物，如蛋白質、腦、糖等。電噴霧電離源的最大特點是容易形成多電荷離子。這樣，一個分子量為10000De 的分子若帶有 1 個電荷，則其質荷比只有1000Da，進入了一般質譜儀可以分析的范圍之內。根據這一特點，目前采用電噴霧電離，可以測量分子量在 300000De 以上的蛋白質。大氣壓化學電離源主要用來分析中等極性的化合物。有些分析物由于結構和極性方面的原因，用ESI不能產生足夠強的離子，可以采用 APCI方式增加離子產率，可以認為 APCI 是 ESI 的補充。APCI要產生的是單電荷離子，所以分析的化合物分子量一般小于 1000Da。用這種電離源得到的質譜很少有碎片離子，主要是準分子離子。

APCI 與 ESI 源都能分析許多樣品，而且靈敏度相似，很難說出哪一種更合適。同時至今沒有一個砌的準則判斷何時使用某一種電離方式更好。但是通常認為電噴霧有利于分析生物大分子及其它分子量大的化合物，而 APCI更適合于分析極性較小的化合物, 而 ESI 源由于它能產生一系列的多電荷離子，特別適合于蛋白質，多膚類的生物分子。

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液質ESI與APCI的異同點解析