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常見的液相色譜柱填料有 C1、C3、C4、C8、C18、C30、氨基、氰基、硅膠色譜柱等。常見色譜柱中的填料分類：C18（十八烷基或ODS）：普適性好；保留性強，用途廣C1【三甲基硅烷（TMS）】：保留值最小；最不穩定聚苯乙烯基b：在1＜PH＜13的流動相中穩定；對某些分 離峰形好，柱子壽命長硅烷化硅膠：吸附性弱，溶劑兼容性好；適用于有機溶劑OH（二醇基）：欠穩定；在水SEC中使用（凝膠過濾）聚苯乙烯基b：廣泛用于有機SEC（凝膠滲透）；一般與水和極性大的有機溶劑不液相色譜柱填料的平均粒徑越小，渦流擴散越小，傳質越好，柱效越高，然而，填料粒徑小，導致滲透性能變差，柱壓較高。同時，填料粒徑分布越寬，滲透性能越差，色譜柱柱效越低。常見的填料粒徑有 3μm、3.5μm、5μm、10μm 等。液相色譜柱的填料分為無定型和球型。無定型填料制備的液相色譜柱柱床結構不均勻，流動相線性速度不均勻，色譜圖的峰形較寬；球型填料制備的液相色譜柱柱床結構均勻，因此色譜柱柱效高、重現性好。球型填料是目前最為常見的液相色譜柱填料，這種填料具有更好的性能和重現性。以硅膠為基質，通過化學鍵合的方式把 C18、C8、氨基、氰基等基團鍵合在基質上， 作為液相色譜柱中的填料。通過鍵合不同的化學基團，得到不同性能的液相色譜柱。由于不同鍵合基團的分離機理不同，從而影響化合物的保留與分離。填料的鍵合使得液相色譜柱的固定相相對較為穩定，不易流失，同時很大程度上消除了硅羥基的不良影響，可適用于多種流動相中，應用廣泛。然而，鍵合后的填料耐酸性較差，pH 值不能小于 2，當流動相 pH 超出酸性范圍時，鍵合相易流失，耐用性和穩定性會變差。硅膠因具有特殊的表面化學特性，被廣泛用作液相色譜柱填料基質材料。硅膠表面具有硅羥基，硅羥基的密度、分布、及其化學特性對各種類型的色譜行為都會產生不同程度的影響。在使用以硅膠為基質的高效液相色譜柱特別是在反相色譜柱時，經常會遇到因游離的硅羥基（或稱為硅醇基）而導致的非特異性吸附。對一些極性較強的溶質，如堿性物質， 色譜峰會嚴重拖尾，甚至會因強吸附而不能洗脫。通常采用封尾的方式減少硅羥基的影響， 具體做法是將填料與小硅烷（如三甲基氯硅烷）進行后續反應，反應掉部分殘余硅羥基， 以增加表面覆蓋率。采用該方式不僅可以減少不可逆吸附或拖尾，還能增加碳含量。但是， 該方式并不能完全反應掉殘余的硅羥基，仍有 50%的硅羥基未被反應。液相色譜柱填料，特別是反相填料的含碳量，常被用于表征表面化學修飾程度。通常通過鍵合作用將碳鏈引入到填料中，填料含碳量越高，說明碳鏈密度越高，碳鏈越長，容量因子越大，疏水性越強。在反相條件中，碳鏈增長，意味著填料具有更大的比表面積， 締合作用增強，待測物質保留增加。因此，高含碳量填料的液相色譜柱穩定性好，重復性好，有利于保留效果差的化合物的分離，可以改善極性化合物的拖尾；低碳量填料的液相色譜柱有利于分析中性及堿性化合物，可以降低溶劑損耗。除上述情況外，硅膠填料的活性、雜質含量、pH 穩定性、熱穩定性等也會影響液相色譜柱性能。生產硅膠時，處理溫度不同，硅膠活性也不同。硅膠的活性是選擇性差異的主要來源， 主要影響堿性化合物的保留行為；硅膠的雜質含量是色譜柱質量好壞的重要標志，重金屬含量低，硅羥基活性小，拖尾減小。
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